Un large consortium, dirigé par l’Université de Tübingen (Allemagne), le centre médical universitaire Radboud de Nijmegen (Pays-Bas) et l’Université de Leicester (UK), et incluant en France Eurordis, Orphanet, deux grands instituts de recherche (Centre de Recherche en Myologie et l’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière) et le CHU de Dijon, a obtenu une subvention de 15 millions d’euros pour le programme de recherche SOLVE-RD.
Le consortium utilisera ce financement pour améliorer le diagnostic des maladies rares. Les chercheurs travailleront directement avec 4 réseaux de référence européens (ou ERNs pour European Reference networks) : des réseaux européens de soignants, mis en place pour partager et faire progresser et valoriser les connaissances et les ressources utilisées pour traiter les maladies rares.
Les patients atteints d’une maladie rare passent généralement par un processus long et ardu, qui dure parfois 10 ou 15 ans (également connu sous le nom d’errance diagnostique), avant de trouver un médecin qui comprenne ce qui ne va pas chez eux et identifie leur pathologie. Les avancées scientifiques peuvent également prendre beaucoup de temps car il est difficile de trouver un nombre suffisant de patients atteints de la même maladie rare pour faire avancer significativement la recherche.
Des difficultés de diagnostic
Considérées collectivement, les maladies rares sont communes. Si pour une maladie rare donnée, le nombre de personnes atteintes est extrêmement faible, le très grand nombre de maladies rares signifie que, collectivement, le nombre de patients en Europe atteint des centaines de milliers. Ces dernières années, il est apparu que l’œil d’un médecin seul n’était souvent pas suffisant pour diagnostiquer une maladie rare. C’est pourquoi nous avons besoin de meilleurs tests génétiques pour diagnostiquer efficacement les maladies rares.
Un engagement pour le partage des données
C’est ici qu’intervient SOLVE-RD (www.solve-rd.eu), un programme de recherche à grande échelle relevant du programme Horizon 2020 de la Commission Européenne. Les partenaires académiques impliqués dans SOLVE-RD ont conçu une infrastructure permettant la coordination et l’analyse de toutes les données générées en Europe. Combiner les données existantes d’exome et de génome des patients collectées par tous les collaborateurs du programme SOLVE-RD augmente considérablement les chances de trouver plusieurs personnes atteintes de la même maladie. L’engagement pour le partage des données sur les maladies rares à cette échelle est unique.
Des quantités considérables de données examinées
SOLVE-RD va encore plus loin en appliquant les dernières méthodes « multi-omiques » disponibles. Si les données d’ADN éclairent une maladie particulière, les chercheurs se tournent alors vers d’autres tests à grande échelle qui reflètent la fonction du gène tels que l’ARN, les protéines (protéomique), les produits métaboliques (métabolomique) et l’épigénomique. Combiner ces techniques « -omiques » apporte les informations supplémentaires qui peut permettre de diagnostiquer une maladie rare. La quantité gigantesque de données issue de cette approche multi-omiques doit être convertie en informations utiles et compréhensibles par des bio-informaticiens utilisant des algorithmes intelligents.
Un réseau virtuel
SOLVE-RD est un projet unique car la recherche pour un meilleur diagnostic des maladies rares est directement liée à une meilleure prise en charge au niveau européen dans 24 réseaux de références (ERNs). Ces ERNs ont été mis en place pour améliorer et harmoniser le diagnostic et le traitement des personnes souffrant de maladies rares. En utilisant des connaissances et des directives partagées, un patient en Roumanie, par exemple, recevra les mêmes diagnostics et traitements qu’un patient en Suède ou en Espagne. Ces réseaux virtuels réunissent toutes les connaissances existantes et suppriment des limites inutiles.
Les diagnostics du futur
SOLVE-RD comprend 4 ERNs : pour les maladies rares neurologiques (RND), les maladies neuromusculaires (EURO-NMD), les malformations congénitales et les déficiences intellectuelles (ITHACA) et les syndromes des risques génétiques aux tumeurs (GENTURIS). Ces ERNs sont les premiers à ajouter et partager leurs données patients, ce qui permet d’améliorer le diagnostic et le traitement de ces maladies rares. D’autres ERN rejoindront SOLVE-RD plus tard. De cette manière, SOLVE-RD aura un impact significatif sur nos connaissances et notre pratique clinique en matière de diagnostic et de traitement des maladies rares en Europe.
Parmi les partenaires académiques participant à SOLVE-RD, figurent 3 équipes INSERM : l’Unité US14- Orphanet (Ana Rath) ; l’Unité 1217 – Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (Institut du Cerveau – ICM, équipe dirigée par Giovanni Stevanin) et l’Unité 974 – Centre de Recherche en Myologie (CRM, équipe dirigée par Gisèle Bonne). Alors qu’Orphanet contribuera à la description des profils de patients atteints de maladies rares non étiquetées (Work Package 1) en construisant une ontologie de ce type de cas pour faire progresser le diagnostic (leader du WP1), les équipes de l’Institut du Cerveau – ICM et du CRM, participant respectivement à l’ERN-RND et à l’ERN-EURO-NMD, contribuerons à l’identification de nouvelles causes moléculaires (WP2) par la (re-)analyse d’un grand nombre d’exomes et de génomes existants mais également par la résolution de cas non résolus, en regardant au-delà des exomes, grâce aux approches multi-omiques. Elles contribueront également au WP3 visant à changer la vie des patients via l’établissement d’un « traitabolome » identifiant les gènes et variants pouvant être traités, ce qui contribuera au transfert des données de génomique dans le cadre clinique. Plus de détails sur www.solve-rd.eu.